通过计算机模拟和体外实验相结合的工作流程，发现了针对KRAS G12D新抗原的TCR样抗体

《Molecular Therapy》：Discovery of TCR-like antibodies to the KRAS G12D neoantigen via in silico-in vitro workflow

　　

SangPhil Ahn | Tae-Sung Oh | Seonghyuk Suh | Joon-Young Jeon | Sangjoon Lah | Kyeongmin Ryu | Sanghyeon Choi | Hyeonkyeong Kim | Eun Gyo Lee | Hyejin Lee | JooYeon Lee | Yoonji Kim | Sanggil Kim | So Ra Park | Hojin Yoo | So-Young Choi | Joo Eon Lee | Dong-Kyun Kim | Bo Mi Ku | Wooram Jung | Bo-Seong Jeong

摘要

能够识别携带肽段的I类主要组织相容性复合体（MHC）分子的抗体可以实现针对细胞内致癌蛋白的治疗性靶向，但由于肽抗原体积较小以及需要特异性识别等限制，这类抗体的发现一直较为困难。本文描述了一种结合了计算机模拟（in silico）和体外实验（in vitro）的方法，用于生成高亲和力、选择性针对HLA-C*08:02呈递的KRAS G12D₁₀的抗体。在计算机模拟阶段，生成了多个与目标蛋白最佳结合的人类抗体衍生可变片段，并对其互补决定区（CDRs）进行了有限序列设计。在体外实验阶段，通过引入有限的CDR多样性构建了酵母表面展示文库，并对该文库进行了迭代筛选。该方法成功获得了高亲和力的KRAS G12D₁₀/HLA-C*08:02特异性抗体。利用噬菌体展示文库进行的全面特异性分析证实这些抗体无脱靶反应，计算机模拟预测其免疫原性较低。当将这些抗体改构为嵌合抗原受体或双特异性T细胞结合蛋白时，它们能够选择性地杀伤靶细胞。这些发现建立了一种实用的基于功能导向的抗体设计流程，并证明了针对KRAS G12D驱动的恶性肿瘤进行治疗的可行性。