利用MouseRS-CMD技术对小鼠血液中的免疫细胞进行基于DNA甲基化的分析

《Genome Biology》：DNA methylation-based immune cell profiling in mouse blood using MouseRS-CMD

　　

摘要

我们提出了MouseRS-CMD，这是一种基于小鼠DNA甲基化的免疫细胞去卷积工具。研究人员纯化了中性粒细胞、单核细胞、自然杀伤细胞、B细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞。通过Illumina Mouse Methylation BeadChip在超过285,000个CpG位点上测量DNA甲基化水平，用于构建参考库，并通过流式细胞术对眼部和末梢血液样本进行验证。IDOL算法确定了最优的参考库，该参考库包含300个CpG位点，四种细胞类型的RMSE小于2.7，所有细胞类型的RMSE小于3.5。MouseRS-CMD能够对存档样本进行免疫分析，并减少分子研究中由于细胞类型异质性带来的干扰。