埃及鸭场中鸭甲型肝炎病毒的完整基因组测序及进化分析

《BMC Veterinary Research》：Complete genome sequencing and evolutionary analyses of duck hepatitis a viruses in Egyptian duck farms

　　

摘要

背景

鸭肝炎病毒（DHV）继续对全球鸭养殖业构成严重威胁，导致急性肝炎、神经系统症状以及死亡率升高，即使在接种过疫苗的鸭群中也是如此。2022-2023年间，埃及北部五个省的鸭场发生了由DHV-1和DHV-3引起的重大疫情。这些疫情主要影响4至15天大的北京鸭雏鸭，死亡率在50%到70%之间。受感染的鸭雏鸭表现出典型的病理变化，包括肝肿大伴出血、脾肿大和肾脏肿大。

结果

从受影响的鸭场收集了30份肝脏和脾脏样本，使用逆转录PCR（RT-PCR）技术针对3′非翻译区（3′UTR）和VP1基因进行了分析。在30份样本中有56.7%（17/30）检测到了DHV。在阳性样本中（n=17），DHV-1占29.4%（5/17），而DHV-3占70.6%（12/17）。基于全基因组测序的系统发育分析显示，DHV-1菌株属于1a亚支，与之前报道的埃及分离株和中国参考菌株（如DHAV-1-CH-2012）具有高度遗传相似性（99.2–99.8%）。相比之下，DHV-3菌株属于3a亚支，与中国菌株的遗传相关性较高（97.1–98.7%），但与目前使用的疫苗菌株存在显著差异（核苷酸同源性为75.9–76.3%）。遗传分析发现这两种病毒类型都存在多个突变。DHV-1在VP0、VP3和非结构蛋白区域发生了氨基酸替换，在VP1的高变区1（HVR1）中有五个突变，在HVR2中有一个突变。DHV-3在VP1区域表现出独特的突变，其中在埃及菌株ND3中鉴定出一个独特的E681K替换。

结论

研究结果表明，埃及鸭场中流行的DHV正在持续发生遗传进化，其特点是遗传上不同的DHAV-3菌株占主导地位，并且与目前使用的疫苗菌株存在显著差异。这种遗传差异可能导致疫苗效果减弱和疾病持续爆发；然而，其对疫苗诱导保护作用的影响需要进一步实验验证。因此，持续的基因组监测以及开发更新的、与菌株匹配的或多价疫苗对于控制DHV感染和减少埃及鸭养殖业的经济损失至关重要。

背景

鸭肝炎病毒（DHV）继续对全球鸭养殖业构成严重威胁，导致急性肝炎、神经系统症状以及死亡率升高，即使在接种过疫苗的鸭群中也是如此。2022-2023年间，埃及北部五个省的鸭场发生了由DHV-1和DHV-3引起的重大疫情。这些疫情主要影响4至15天大的北京鸭雏鸭，死亡率在50%到70%之间。受感染的鸭雏鸭表现出典型的病理变化，包括肝肿大伴出血、脾肿大和肾脏肿大。

结果

从受影响的鸭场收集了30份肝脏和脾脏样本，使用逆转录PCR（RT-PCR）技术针对3′非翻译区（3′UTR）和VP1基因进行了分析。在30份样本中有56.7%（17/30）检测到了DHV。在阳性样本中（n=17），DHV-1占29.4%（5/17），而DHV-3占70.6%（12/17）。基于全基因组测序的系统发育分析显示，DHV-1菌株属于1a亚支，与之前报道的埃及分离株和中国参考菌株（如DHAV-1-CH-2012）具有高度遗传相似性（99.2–99.8%）。相比之下，DHV-3菌株属于3a亚支，与中国菌株的遗传相关性较高（97.1–98.7%），但与目前使用的疫苗菌株存在显著差异（核苷酸同源性为75.9–76.3%）。遗传分析发现这两种病毒类型都存在多个突变。DHV-1在VP0、VP3和非结构蛋白区域发生了氨基酸替换，在VP1的高变区1（HVR1）中有五个突变，在HVR2中有一个突变。DHV-3在VP1区域表现出独特的突变，其中在埃及菌株ND3中鉴定出一个独特的E681K替换。

结论

研究结果表明，埃及鸭场中流行的DHV正在持续发生遗传进化，其特点是遗传上不同的DHAV-3菌株占主导地位，并且与目前使用的疫苗菌株存在显著差异。这种遗传差异可能导致疫苗效果减弱和疾病持续爆发；然而，其对疫苗诱导保护作用的影响需要进一步实验验证。因此，持续的基因组监测以及开发更新的、与菌株匹配的或多价疫苗对于控制DHV感染和减少埃及鸭养殖业的经济损失至关重要。