围产期感染HIV的青少年炎症相关的DNA甲基化特征

《Clinical Epigenetics》：DNA methylation signatures of inflammation in youth living with perinatally-acquired HIV

　　

摘要

背景

表观遗传修饰可能揭示了在关键发育时期暴露于HIV和抗逆转录病毒治疗（ART）如何影响生物途径及慢性共病风险的机制。我们比较了围产期感染HIV的青少年（YPHIV）与未感染但同样在围产期暴露于HIV的青少年（YPHEU）在两个时间点的基因组范围内DNA甲基化（DNAm）情况。在YPHIV组中，我们评估了HIV RNA病毒载量、CD4细胞计数和炎症与DNAm变化之间的关联。

方法

通过PHACS青少年主协议，在至少相隔3年的两个时间点，对32名YPHIV患者和7名YPHEU患者的外周血单核细胞中的基因组范围内DNAm进行了检测。在全基因组范围内（FDR p < 0.05且甲基化差异≥5%）以及每个时间点的15个预先选定的目标基因上，评估了差异甲基化的CpG位点。同时进行了区域性和通路富集分析。在YPHIV组中，还评估了HIV病毒载量、CD4细胞计数和炎症标志物与DNAm之间的全基因组关联。

结果

在任一时间点，均未发现YPHIV组和YPHEU组之间存在全基因组范围内的差异甲基化CpG位点。对于目标基因，在两个时间点上PSMB9上的CpG位点均存在差异甲基化。在YPHIV组中，病毒载量和CD4细胞计数均与DNAm无关。相比之下，C-反应蛋白在时间点1和2分别与17个和18个CpG位点相关，其中7个基因有重叠，包括两个参与血压调节和肾功能的基因。白细胞介素-6在时间点1和2分别与3个和2个CpG位点相关，其中2个基因有重叠，涉及脂肪酸代谢和神经信号传导。

结论

炎症标志物与YPHIV儿童/青少年时期的DNA甲基化特征相关。这些表观遗传特征可能有助于了解导致YPHIV慢性共病风险的炎症途径，并提示炎症可能是早期干预的潜在靶点。