通过宏基因组下一代测序技术识别马达加斯加（2014–2019年）未确诊呼吸道发热病例中的病毒感染

《BMC Infectious Diseases》：Identifying viral infections through metagenomic Next Generation Sequencing of undiagnosed respiratory fevers in Madagascar (2014–2019)

　　

摘要

背景

呼吸系统疾病是全球范围内导致大量发病率和死亡率的重要原因。在马达加斯加（位于非洲大陆东南海岸的一个岛国），医院开展的公共卫生监测主要针对常见的呼吸道病毒。然而，仍有许多病例未能得到诊断。

方法

我们对102名因呼吸道症状就诊于公立医院但14种病毒多重RT-qPCR检测结果为阴性的未确诊发热患者进行了宏基因组下一代测序（mNGS），以确定其病原体谱型。我们分析了每位患者的呼吸道微生物组多样性，并识别出可能与未确诊发热相关的病毒感染。我们对具有足够读取深度和覆盖率的病毒全基因组序列进行了组装，对其进行了系统发育分析，并检查了这些序列与多重RT-qPCR检测所用引物之间的差异。最后，我们将所有全基因组序列与全球公共数据库进行了系统发育比较。

结果

在大约三分之二（64.7%）的研究参与者中，我们发现了多种已知人类病毒感染的证据，涉及九个不同的病毒家族，包括正肺病毒、副肺病毒、鼻病毒、冠状病毒、副流感病毒和博卡帕尔沃病毒。mNGS检测到的感染证据主要来自正肺病毒（也称为呼吸道合胞病毒[RSV]；n = 24例；n = 8例之前已被诊断）和鼻病毒（n = 18例），尽管这些病例中的大多数先前RT-qPCR检测结果均为阴性。此外，系统发育分析显示RSV A亚型存在两个不同的谱系群，这表明该病毒可能经历了不同的国际传播途径后在当地传播。

结论

mNGS是一种敏感的广谱病原体检测工具。我们展示了马达加斯加未确诊呼吸道发热患者所涉及的病毒多样性，强调了该国现有呼吸道监测的重要性和相关性，并指出了区域呼吸道感染动态与全球呼吸道病原体传播网络之间的相互关联性。