《Journal of Hepatology》：Dysregulated transcription in core- and pol-specific CD8 T cells can be targeted by HDAC inhibition to improve T-cell function in chronic hepatitis B
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卡米拉·切卡泰利·贝尔蒂（Camilla Ceccatelli Berti）|伊拉里亚·蒙塔利（Ilaria Montali）|萨拉·多塞利（Sara Doselli）|贝内德塔·法里纳（Benedetta Farina）|西蒙娜·希瓦扎帕帕（Simona Schivazappa
卡米拉·切卡泰利·贝尔蒂（Camilla Ceccatelli Berti）|伊拉里亚·蒙塔利（Ilaria Montali）|萨拉·多塞利（Sara Doselli）|贝内德塔·法里纳（Benedetta Farina）|西蒙娜·希瓦扎帕帕（Simona Schivazappa）|安德烈亚·韦基（Andrea Vecchi）|马尔齐亚·罗西（Marzia Rossi）|瓦伦蒂娜·雷韦贝里（Valentina Reverberi）|安娜·蒙塔利（Anna Montali）|达娜·萨姆巴里诺（Dana Sambarino）|亚历西奥·佩拉加蒂（Alessio Pelagatti）|弗朗切斯卡·费拉利亚（Francesca Ferraglia）|瓦莱里亚·巴里利（Valeria Barili）|弗洛里亚娜·法凯蒂（Floriana Facchetti）|埃莉萨贝塔·德加斯佩里（Elisabetta Degasperi）|迪莱塔·拉克卡布埃（Diletta Laccabue）|阿玛利亚·佩纳（Amalia Penna）|玛丽-劳尔·普利松尼耶（Marie-Laure Plissonnier）|法比安·祖利姆（Fabien Zoulim）|皮耶特罗·兰佩尔蒂科（Pietro Lampertico）|保拉·菲西卡罗（Paola Fisicaro）
意大利帕尔马大学化学、生命科学与环境可持续性系（SCVSA）
摘要
背景与目标
病毒特异性T细胞功能障碍是慢性乙型肝炎（CHB）的标志性特征，其纠正可能成为HBV治愈的潜在途径。需要更深入地了解感染持续性和控制的T细胞相关因素，以阐明CD8 T细胞在CHB发病机制中的作用，并确定新的治疗靶点，以实现有效的T细胞重建。
方法
通过RNA测序研究了未经治疗的、高病毒载量的HBeAg阴性CHB患者的核心蛋白和聚合酶特异性CD8细胞，并将其与经过核苷（酸）类似物治疗（rNUC）后实现功能治愈的患者或急性乙型肝炎（rACU）患者进行了比较。在HDAC抑制剂存在的情况下，评估了慢性患者的T细胞的组蛋白乙酰化水平、细胞因子产生和细胞毒性。
结果
识别出一个包含101个基因的“特征签名”，这些基因可以区分两组患者与CHB患者；同时发现了41个在rNUC治疗后仍未恢复正常的基因。尽管大多数失调基因在CHB患者的核心蛋白和聚合酶特异性CD8细胞中表现出相似的行为，但其中30%的基因并不一致。使用entinostat靶向失调的DNA转录显著改善了组蛋白乙酰化水平和T细胞功能。
结论
核心蛋白和聚合酶特异性CD8细胞的功能障碍机制仅在部分程度上存在共性；这两种T细胞亚群之间没有明确的耗竭严重程度层次差异。即使在HBsAg消失后，仍维持着一种类似“转录疤痕”的慢性化特征。rNUC和rACU患者的聚合酶和核心蛋白特异性CD8细胞共有的特征签名表明，组蛋白去乙酰化抑制剂可能是一种有前景的CHB免疫治疗干预手段。
部分摘录
影响与意义
对于慢性乙型肝炎（CHB）患者来说，迫切需要寻找新的治疗策略以实现感染的彻底控制，而HBV特异性CD8 T细胞的损伤是HBV持续存在的主要原因。本研究通过分析病毒特异性T细胞的转录谱与功能治愈之间的关系，发现了表观遗传调控在CHB患者T细胞功能恢复中的潜在作用。体外实验使用了entinostat
引言
目前用于慢性HBV感染的疗法主要依赖于核苷（酸）类似物（NAs）的给药，这些药物针对病毒复制[1]。然而，自发或治疗诱导的HBsAg丢失仍然较为罕见[2]。因此，迫切需要新的治疗策略来加速慢性乙型肝炎（CHB）的功能治愈。
目前正在研究的方法中，恢复强大的抗病毒T细胞反应是
研究人群
研究队列组成如下：
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38名未经治疗的慢性乙型肝炎（CHB）患者，病毒载量较高（HBV-DNA范围为1.65x104-25.09x106IU/ml）
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6名经过长期核苷（酸）类似物治疗（rNUC）后慢性乙型肝炎得到治愈的患者，表现为HBsAg消失
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4名自发从急性HBV感染中恢复的患者（rACU）
患者特征详见补充表1。
细胞分选
PBMC解冻后，通过负选择法分离出CD8 T细胞
通过对三个不同患者组（9名HBeAg阴性、未经治疗的CHB患者，6名rNUC患者和4名rACU患者）中分离出的循环核心蛋白18-和聚合酶455特异性CD8 T细胞进行低输入RNA测序，分析了它们的转录组特征（图1A,B）。
我们首先比较了治疗开始前活跃炎症和病毒复制阶段以及HBsAg消失后的HBV特异性CD8 T细胞的转录特征。主成分分析（PCA）显示
讨论
本研究旨在探讨CD8 T细胞在HBV发病机制中的作用两个关键问题。第一个目标是确定与不同感染史（无论是急性感染后还是通过核苷类似物治疗实现慢性肝炎治愈后）相关的转录特征。这两种HBV治愈状态之间的转录相似性有望揭示病毒控制所需的基本机制
FZ：过去2年担任Aligos、Assembly、AusperBio、BlueJay、Gilead、GSK、nChromaBio、Precision、Vir Bio的顾问。研究资助方包括Aligos、AusperBio、BlueJay、ImCheck；PL担任罗氏制药/诊断公司、Gilead Sciences、GSK、Abbvie、Janssen、Myr Pharma、EIGER、Antios、Aligos、Vir、Grifols、Altona、Roboscreen的顾问和演讲者；CF获得Gilead和Abbvie的资助。其余作者无利益冲突。
本研究得到了意大利大学和研究部（项目代码2017MPCWPY和2022FMESXL）以及欧盟“地平线2020”研究与创新计划（项目协议编号847939，IP-cure-B项目）的支持。
CCB：负责数据分析、数据整理、可视化及初稿撰写；IM：负责研究设计、方法学制定及数据整理；SD、BF：负责数据可视化及研究；AV、MR、VR、AP、AM、AP、MLP、FF：负责研究；VB：负责方法学设计；DL：负责项目管理；SS、FF、DS、ED：负责资源协调及患者招募；CB、GM、PL、FZ：负责撰写及审稿；MM：负责数据分析、方法学设计及审稿；CF：负责概念构思、监督及撰写及审稿
RNA-Seq数据可在NCBI GEO数据库中找到：GSE217838和GSE304326。
致谢
作者感谢帕尔马大学医院中心设施（CoreLab）的仪器支持，以及帕尔马大学医院医学肿瘤科的罗伯塔·米纳里（Roberta Minari）博士在初始仪器设置方面提供的帮助。
