利用PacBio HiFi测序技术构建的高质量非洲牛品种基因组组装

《Scientific Data》：High quality genome assemblies of African cattle breeds using PacBio HiFi sequencing

　　

摘要

非洲拥有极其丰富的牛品种资源，约有150个品种，包括印度牛（Bos taurus indicus）亚种、欧洲牛（Bos taurus taurus）及其杂交品种。这些品种占全球牛总数的约23%。然而，高质量、具有代表性的非洲牛基因组数据集非常有限，尤其是印度牛品种的相关数据。在此，我们利用PacBio HiFi测序技术为五种重要的非洲本土牛品种构建了高质量的基因组序列：Lagune（Bos taurus taurus）、Gudali、Iringa Red和Singida White（Bos taurus indicus）以及Mpwapwa（Bos taurus taurus × Bos taurus indicus）。这些新的基因组序列是迄今为止最连续、最完整的非洲牛基因组数据集，其基因组大小在3.25至3.36吉字节（Gb）之间，序列连续性指标N50范围为83.59至97.87兆字节（Mb），支架序列连续性指标N50范围为100.30至113.37兆字节（Mb）。BUSCO基因组完整性评分也超过了99.68%，表明这些基因组序列具有极高的连续性。因此，这些改进且连续性极高的基因组数据集将成为未来非洲乃至全球畜牧业基因组研究的宝贵资源。