采用全基因组亚硫酸盐处理和Oxford Nanopore测序技术对鹌鹑血细胞进行DNA甲基化谱分析

《Scientific Data》：DNA methylation profiles of quail blood cells by whole-genome bisulfite and Oxford Nanopore sequencing

　　

摘要

全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）十多年来一直是DNA甲基化图谱绘制和定量分析的黄金标准。Oxford Nanopore Technologies（ONT）的测序技术可以直接检测核苷酸修饰。在这项研究中，我们使用WGBS和ONT技术比较了鹌鹑基因组中CpG位点的DNA甲基化水平（5-甲基胞嘧啶）。我们收集了样本，以研究鹌鹑在祖先接触植物雌激素后代的DNA甲基化变化情况。对24个第三代（G3）个体的血液样本进行了亚硫酸氢盐转化处理后的测序，这些个体分别来自经过处理或未经过处理的祖先。两种方法均显示出大致一致的甲基化模式。ONT的测序结果覆盖了更多的CpG位点，并检测到了更多差异甲基化的胞嘧啶（DMCs）。主成分分析表明，性别和祖先处理因素对两种技术观察到的表观遗传变异都有一定的影响。WGBS和ONT结果的高度一致性支持了ONT测序在表观基因组研究中的可靠性，包括在鹌鹑研究中的应用。这些数据为进一步探讨染料木素是否会导致多代动物的表观遗传变化奠定了基础。