对全球爱尔兰猎狼犬基因组结构的分析

《Scientific Reports》：An analysis of the genomic architecture of the worldwide Irish Wolfhound dogs

　　

摘要

爱尔兰猎狼犬（Irish Wolfhound，简称IW）是一种具有复杂种群历史和较低种群数量的犬种。在这项研究中，我们结合了多种群体基因组学方法，对来自全球23个国家的96只爱尔兰猎狼犬的基因组进行了分析，这些犬只使用了Illumina CanineHD BeadChip基因芯片进行基因分型。通过对有效种群规模（Ne）、连锁不平衡（LD）衰减、杂合度以及主成分分析（PCA）的研究，我们发现其遗传多样性较为有限。进一步通过对纯合片段（ROH）和整合单倍型得分（iHS）的分析，发现了基因组中的长段纯合区域以及选择压力存在的证据。这些纯合片段的长度大多较短，仅有40个样本的纯合片段长度超过8 Mb，且没有发现长度超过16 Mb的纯合片段，这表明这些现象反映了长期的种群动态和历史选择过程，而不仅仅是近期的近亲繁殖结果。特别值得注意的是，有26个纯合片段被至少85%的样本所共有，其中3个纯合片段被所有样本所共有。一些纯合片段与其他猎犬品种中已报道的区域存在重叠，并携带与爱尔兰猎狼犬的形态、行为及疾病（包括骨肉瘤）相关的基因。通过iHS分析识别的基因组区域还包含与癌症和免疫反应相关的基因。与之前公开基因型数据的爱尔兰猎狼犬种群相比，本研究中的样本构成了一个更为同质的亚群。总体而言，所有研究结果都指向了一个一致的基因组图谱，这突显了种群历史和选择作用共同塑造了当前爱尔兰猎狼犬的遗传结构。