抗逆转录病毒治疗后的HIV-1感染中CD8+ T细胞群体及其免疫库的单细胞特征分析

《Virology Journal》：Single-cell characterization of the CD8+ T cell landscape and repertoire in HIV-1 Infection following antiretroviral therapy

摘要

尽管抗逆转录病毒疗法（ART）能有效抑制HIV-1病毒血症，但免疫功能障碍往往仍然存在。在此研究中，我们整合了单细胞RNA测序和T细胞受体（TCR）测序数据，以分析CD8? T细胞的变化情况。通过对不同个体（健康捐赠者、未接受治疗的个体以及接受ART治疗的个体）的横断面样本进行分析，我们发现ART促进了CD8? T细胞从耗竭状态向幼稚状态和记忆样状态的转变。加权基因共表达网络分析识别出多个基因模块，其中三个模块（SM2-SM4）在未接受治疗的个体中高度表达，而另一个模块（SM6）在ART治疗后显著增强。感染后观察到的TCR多样性降低和克隆性增加现象并未通过ART得到完全恢复，尽管ART在一定程度上改变了克隆结构和CDR3长度。我们基于CD8? T细胞的TCR特征建立了一个预测模型，该模型能够准确区分健康捐赠者、未接受治疗的个体和接受ART治疗的个体。这些发现阐明了CD8? T细胞重建的复杂过程，并确定了ART治疗期间关键的转录网络和克隆动态。