氰基丙烯酸酯胶作为有效的皮肤去污方法用于毛囊微生物组采样：来自非人类模型（Capreolus capreolus）的见解

《BMC Microbiology》：Cyanoacrylate glue as an effective skin-decontamination method for hair follicle microbiome sampling: insights from a nonhuman model (Capreolus capreolus)

摘要

引言

在人类中，毛囊内的微生物与皮肤表面的微生物有所不同，这些微生物可能引发自身免疫性皮肤病，如斑秃和白癜风。由于毛囊内微生物的生物量较低，因此精确采样和避免基因物质污染的策略至关重要。为了解决这个问题，我们开发并评估了一种采样方法，使用非人类野生动物模型——野生狍子（Capreolus capreolus）——来确定在活检前减少皮肤污染的有效方法。这些动物是在获得许可的狩猎活动中捕获的，并在死后立即被冷冻在-20°C。

从右前腿收集了四组活检和皮肤表面拭子样本：1）未经处理的皮肤；2）用异丙醇（IPA）湿巾清洁的皮肤；3）用氰基丙烯酸酯胶（CAG）处理的皮肤；4）先用CAG处理再用IPA湿巾清洁的皮肤。拭子使用Copan FLOQSwabs采集，而活检则使用一次性1毫米活检针进行。核酸通过滴液数字PCR（ddPCR）技术对16S rRNA和18S rRNA基因的拷贝数进行定量分析。此外，拭子样本还进行了16S rRNA V3-4区域和ITS-1序列分析。

结果

ddPCR分析显示，皮肤表面的细菌数量（11,661\(\pm\)5,181拷贝/\(\pm\)L）远多于真菌数量（87\(\pm\)35拷贝/\(\mu\)L），并且拭子样本中的微生物负荷（16S：11,661\(\pm\)5,181；18S：87\(\pm\)35拷贝/\(\pm\)56；18S：8\(\pm\)5拷贝/结论

这些结果表明活检样本很可能会被来自皮肤表面的微生物DNA污染。研究还证实，CAG能有效减少这种污染，可以作为活检前的实际去污步骤。尽管这项可行性研究基于非人类野生动物模型，但它提供了方法学上的见解，有助于未来人类毛囊微生物组研究的设计。

引言

在人类中，毛囊内的微生物与皮肤表面的微生物有所不同，这些微生物可能引发自身免疫性皮肤病，如斑秃和白癜风。由于毛囊内微生物的生物量较低，因此精确采样和避免基因物质污染的策略至关重要。为了解决这个问题，我们开发并评估了一种采样方法，使用非人类野生动物模型——野生狍子（Capreolus capreolus）——来确定在活检前减少皮肤污染的有效方法。这些动物是在获得许可的狩猎活动中捕获的，并在死后立即被冷冻在-20°C。

从右前腿收集了四组活检和皮肤表面拭子样本：1）未经处理的皮肤；2）用异丙醇（IPA）湿巾清洁的皮肤；3）用氰基丙烯酸酯胶（CAG）处理的皮肤；4）先用CAG处理再用IPA湿巾清洁的皮肤。拭子使用Copan FLOQSwabs采集，而活检则使用一次性1毫米活检针进行。核酸通过滴液数字PCR（ddPCR）技术对16S rRNA和18S rRNA基因的拷贝数进行定量分析。此外，拭子样本还进行了16S rRNA V3-4区域和ITS-1序列分析。

结果

ddPCR分析显示，皮肤表面的细菌数量（11,661\(\pm\)5,181拷贝/\(\pm\)L）远多于真菌数量（87\(\pm\)35拷贝/\(\pm\)5,181；18S：87\(\pm\)35拷贝/\(\pm\)56；18S：8\(\pm\)5拷贝/结论

这些结果表明活检样本很可能会被来自皮肤表面的微生物DNA污染。研究还证实，CAG能有效减少这种污染，可以作为活检前的实际去污步骤。尽管这项可行性研究基于非人类野生动物模型，但它提供了方法学上的见解，有助于未来人类毛囊微生物组研究的设计。