来自中国山楂的Erwinia amylovora XJ14菌株的基因组序列草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of Erwinia amylovora strain XJ14 originated from Hawthorn in China

　　

摘要

火疫病由Erwinia amylovora引起，对全球苹果和梨的生产构成威胁，2016年首次在中国被报道。我们报告了来自中国新疆阿尔泰地区的一种山楂分离株E. amylovora XJ14的基因组序列草图，这是中国首次从该寄主中获得的E. amylovora基因组序列。

公告

Erwinia amylovora是导致火疫病的病原菌，是一种重要的农业植物病原体，全球范围内都会感染蔷薇科植物。火疫病的症状最早于1793年在美国被记录下来，此后通过人类活动传播的受感染植物材料而扩散到全球（1）。2016年，中国新疆伊犁哈萨克自治州和巴音郭楞蒙古自治州首次发现了火疫病，影响了梨、苹果、山楂、海棠和榅桲（2）。

本文报告了2018年从新疆阿尔泰地区（北纬48.084319°，东经86.414479°）有症状的山楂中分离出的E. amylovora菌株XJ14的基因组序列草图。由于山楂具有优异的抗污染性、耐寒性、耐旱性、适应贫瘠土壤的能力以及观赏价值，因此被广泛用作行道树。

将有症状的组织用75%乙醇进行表面消毒。从病斑边缘取下小块叶片，将其研磨成粉末后加入无菌水中，然后涂布在Luria–Bertani培养基上，并在28°C下培养36–48小时。通过传代培养纯化单个菌落。使用特异性引物对p29A/B和Koch法则，确认XJ14菌株为E. amylovora。使用TIANamp细菌DNA试剂盒（北京天根生物科技有限公司）从2毫升过夜培养物中提取基因组DNA。

基因组测序使用Illumina HiSeq 4000系统（美国加州圣地亚哥）进行，采用150 bp的双端文库，插入片段长度分别为270 bp和6,000 bp，测序工作在中国深圳的北京基因组研究所完成。原始读段经过筛选，去除了低质量序列（Phred得分≤20）、接头污染、重复序列以及含有超过10%模糊碱基的读段，最终得到14,758,119个高质量读段，总共有17,635,994个原始读段。De novo组装使用SOAPdenovo v1.05软件和默认参数完成（3）。最终组装结果包括56个contigs（总长度3,809,165 bp；N50值：267,956 bp）和24个scaffolds（总长度3,841,238 bp；N50值：3,788,872 bp），GC含量为53.53%，平均测序深度为43.09×，基因组覆盖率为99.16%（≥1×的碱基至少被5个读段覆盖）。

4）。非编码RNA使用tRNAscan-SE v1.3.1（?B细菌模式）（5）和RNAmmer v1.2（?S细菌模式）（6）进行注释。串联重复序列、噬菌体和CRISPR元件分别使用Tandem Repeat Finder v4.04（参数：2 7 7 80 10 50 2000 -d -h）（7）、PHAST v2013.03（8）和CRISPRFinder v0.4（9）进行识别。功能注释使用BLAST+ v2.2.28软件（e值截止值为1e-5）针对七个数据库进行，包括KEGG、COG、NR、Swiss-Prot、GO、TrEMBL和EggNOG。除非另有说明，否则使用默认参数。总共鉴定出3,835个蛋白质编码基因、73个tRNA和10个rRNA。

10）和GGDC v3.0（11）计算。菌株XJ14与E. amylovora其他菌株的ANI值在99.93%–99.95%之间，dDDH值超过70%，确认了其物种身份（12）（表1）。

表1

表1 菌株XJ14与E. amylovora其他菌株之间的ANI和dDDH值

	CFBP1430	ATCC49946	Ea1189
ANI (%)	99.95	99.93	99.95
dDDH (%)	99.9	99.7	99.8

^a

ANI：平均核苷酸同一性；dDDH：数字DNA-DNA杂交。

致谢

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